In den Aufsichtsrat von HIS entsenden die Ständige Konferenz der Kultusminister der Länder und die Konferenz der Landesfinanzminister je drei Vertreter, die Hochschulrektorenkonferenz zwei Vertreter, der Bund und die Bauministerkonferenz (Ausschuss für staatlichen Hochbau) je einen Vertreter. Der Vertreter des Bundes führt drei Stimmen.